La première salle hypostyle de la partie couverte du temple comprend 32 colonnes papyriformes. Elle donne accès à une seconde salle hypostyle, appelée vestibule, qui sera transformée en chapelle du culte impérial par les soldats romains vers 301 après Jésus-Christ.
Ces derniers recouvriront les parois d'une couche d'enduit et de peintures représentant une allocution de l'empereur Dioclétien lorsque celui-ci réorganisait la défense en Haute-Egypte. La chambre des quatre colonnes située dans le prolongement renfermait la table d'offrandes. Elle précède le sanctuaire et de reposoir des barques. L'imposant naos de granit, offert par Alexandre le Grand, le représente sous les traits d'un pharaon faisant une offrande aux dieux. Le titre de roi d'Egypte lui avait été conféré lors de sa conquête par les prêtres d'Amon de l'oasis de Sioua. Le Saint des Saints, qui renfermait les effigies du culte, se situe à l'extrémité de l'édifice et est précédé par une dernière antichambre.
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